Après deux échecs, il entame une carrière de bibliothécaire à l'Université de Montpellier qu'il poursuit dans celles de Rennes et de Poitiers. Entomologiste réputé pour ses travaux sur les carabes, l'homme est surtout un darwiniste social, connu pour sa théorie sur l'inégalité des races.

Avec son ami allemand, Otto Ammon, il prétend créer une nouvelle science, l'anthropo-sociologie, ayant pour dessein d'étudier les relations réciproques de la race et du milieu social. L'objectif est de rompre avec le métissage qui s'est réalisé au fil des siècles, pour tenter d'améliorer la race et de retrouver VHomo europœus, grand, dolichocéphale, blond aux yeux bleus, dans toute sa pureté.

C'est aussi Lapouge qui introduit dans la langue française le vocable « eugénique » à partir du mot eugenics inventé par Gai ton, cousin de Darwin. Cet eugénisme va de pair avec un régime interventionniste. Seule la mise en place d'un socialisme d'État devrait permettre de sélectionner les individus les plus sains et les plus robustes, quitte à se débarrasser des éléments indésirables par la stérilisation forcée.

Les idées de Lapouge ont été jugées trop aventureuses pour être prises au sérieux par les milieux scientifiques français, mais elles ont influencé les pionniers de l'hygiénisme racial aux Etats-Unis et, en Allemagne, les théoriciens du national-socialisme.

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