Le règlement intérieur de l’Université Toulouse Capitole a été adopté par le conseil d’administration le 12 mars 2024, modifié lors du conseil du 11 mars 2025. Il met en application les règles institutionnelles prévues par les statuts. Il s’applique à l’ensemble des usagers et des personnels de l’université ainsi qu’à toute personne physique ou morale présente, à quelque titre que ce soit, au sein de l’université, sous réserve des dispositions propres à ses établissements-composantes et des stipulation des conventions conclues avec ces derniers.

Le règlement intérieur fixe notamment les règles relatives aux libertés universitaires ; à l'hygiène, la sécurité et le maintien de l'ordre; aux locaux; aux ressources informatiques et à la protection des données; à l'identité de l'université. Il inclut des dispositions applicables aux usagers; aux personnels; aux instances de gouvernance; à la représentation de l'Université Toulouse Capitole au Sénat académique de l'Université de Toulouse; à l'évaluation des enseignements et aux études doctorales.